مسئله این تحقیق آن است که، برخی نفوذ و سلطه گری دشمنان و کافران در حوزه های گوناگون را بی مبنا و توهمی بیش نمیدانند و در نتیجه مقابله با آنها و مقاومت در برابر خواسته های آنان که همان «جهاد کبیر» است را امری غیرلازم می دانند. بر این اساس، جهت فهم درست جهاد کبیر و فلسفه پرداختن به آن و همچنین ارائه راهکار و چگونگی پرداختن به آن، این پرسش مطرح می شود که «جهاد کبیر» یا ترک اطاعت از کافران چیست؟ و چرا باید به آن پرداخت؟ و راهکار پرداختن به آن چیست؟
این تحقیق درصدد است بر اساس دیدگاه امام خامنه ای (مدظله العالی)، به این سه پرسش اساسی پاسخ علمی و منطقی دهد، که از چهار فصل شکل گرفته است:

فصل اول: چیستی جهاد کبیر؛
فصل دوم: چرایی جهاد کبیر؛
فصل سوم: چگونگی جهاد کبیر؛
فصل چهارم: جمع بندی؛